На оккупированных территориях финны проводили жестокую оккупационную политику. В июле 1941 года было создано Военное управление Восточной Карелии – финны, в отличие от немцев, не создавали гражданской администрации на оккупированных территориях – военные ведали и военными, и гражданскими вопросами. Карелия стала регионом с самой высокой плотностью мест принудительного содержания мирного населения и военнопленных – здесь находилось 14 концентрационных лагерей, 34 трудовых лагеря, 42 роты для военнопленных и 10 тюрем. По данным финского военного историка Х. Сеппяля на 21 декабря 1941 г. финнами на оккупированной территории «было зарегистрировано 86119 человек, но сведения эти не совсем точные, поскольку часть населения перешла на территорию, контролируемую Красной армией, также нет сведений о том, сколько человек умерло или погибло во время военных действий, в период оккупации или при побегах. Населения, находящегося на свободе, во всяком случае было лишь 67 324 человека, из которых родственных финнам — 35919. Морозов считает, что всего населения было немногим более 85 000 человек. Он ссылается на исследования Антти Лайне. <…> Русское население составляло большинство, или около 47 процентов, карельского населения было 39 процентов. Это неравенство было “исправлено” за счет заключения значительной части русского населения в лагеря. Политика оккупационных властей была явно расистская, и для людей в начале оккупации имело большое значение, к какой касте их отнесут. Находящиеся на свободе люди подразделялись на национальных и ненациональных, что означало на родственные финнам народы и на русских» [4]. Все тот же Х. Сяппеля пишет: «В организованных финнами концлагерях на ноябрь 1941 года было 11166 человек. Они постоянно пополнялись, к концу 1941 года в концлагерях было уже 20005 русских или прочих, неродственных финнам, более или менее, здоровых людей. На начало 1943 года в концлагерях было 15420 “ненационалов”. Больше всего людей в концлагерях было в марте 1942 года — 23984, в подавляющем большинстве — русских. В 1942 году численность в концлагерях заметно уменьшилась из-за большой смертности, кроме того, часть освободили или отправили в трудовые лагеря. Численность заключенных в концлагерях доходила до 27 процентов от всего населения, находящегося в оккупации. С точки зрения международной практики, это большой процент».

Финны проводили политику национальной сегрегации – еще 8 июля 1941 года главнокомандующий финской армией Карл Маннергейм издал приказ №142, который гласил: ««К восточным карелам надо относиться дружественно, но осторожно. Русское население брать в плен и направлять в концентрационные лагеря». Финские «военные антропологи» выезжали в карельские деревни и выясняли, что из жителей относится к «финнам», а кто нет.

В концлагерях царил страшный голод, бушевали болезни, узников заставляли работать на изнурительных работах по многу часов. Узники вспоминали, что их кормили объедками, порой им приходилось варить кожаные ремни, чтобы сделать студни. Бывали случаи избиений и расстрелов, многие коменданты концлагерей были психически неуравновешенными.

Помимо конкретно концлагерей существовали и «трудовые лагеря» — в них содержались как и мирные жители, так и военнопленные, которые занимались различными работами, в первую очередь, лесоповалом. Трудовые лагеря переезжали с места на место в зависимости от места работы. Военнопленные вывозились на работы в саму Финляндию, так как большая часть мужского населения Финляндии служила в действующей армии.

Финны проводили политику геноцида нефинского населения Карелии – они создавали несовместимые с жизнью условия содержания узников. Зверства финских оккупантов были зафиксированы в документах Чрезвычайной Государственной Комиссии (ЧГК) и в воспоминаниях самих узников, некоторые из которых живы и по сей день. По данным ЧГК только в шести петрозаводских концлагерях умерло около 7 тысяч человек, советский историк К.Морозов настаивал на 14 тысячах умерших в финских концлагерях, Финляндия же заявляет о 4060 мирных граждан, умерших в концлагерях. Точное число умерших до сих пор неизвестно, однако финские данные кажутся маловероятными, а «тетради смертности», которые велись в концлагерях, нельзя считать полноценно достоверным источником.

Большая часть финских военных преступников избежала наказания после войны. Военные преступления Финляндии должна была расследовать финская же военная полиция под руководством Союзной Контрольной Комиссии (СКК), в которую входили представители СССР и Великобритании. Под руководством генерал-лейтенанта Вольдемара Хегглунда был учреждён орган по расследованию событий в лагерях для военнопленных. К началу 1947 он ознакомился с более чем 3000 эпизодами. Виновными были признаны 1400 человек, проведено 910 процессов. Почти половина обвиняемых была отпущена за отсутствием доказательств. Большинство наказаний были мягкими, но ещё в 1948 в тюрьмах оставалось 98 военных преступников, часть из которых сидела пожизненно.

Показательны судьбы двух руководителей Военного Управления Восточной Карелии – В.Котилайнена и О.Палохеймо, которые занимались общим руководством оккупированных территорий, в том числе и концлагерей. Котилайнен бежал в Швецию и вернулся в 1949 году в Финляндию, пробыв под арестом лишь один день. Палохеймо уже в 1946 году стал успешным бизнесменом, полностью избежав наказания.